JCA手順は、通信に電話回線を使っています。通信速度は、インターネット（ブロードバンド環境）のおよそ数十倍もかかります。発注のデータ送信だけで1時間、2時間かかることもあります。

専用モデムは、故障すると代替品を探すのが大変です。保守も大変な割高になります。もう、専用モデムを生産している会社はほとんどありません。

また、画像や漢字が送れない、新たな項目を追加したくても拡張できない、など、使い勝手の悪さが目立ちます。

小売企業各社独自のメッセージフォーマットがあることで、注文を受ける企業（卸企業）は小売各社ごとの変換プログラムを持つ必要があります。

プログラムが複雑化し、運用面でも非常に煩雑となっています。

また、無駄なシステム投資が発生する要因となっています。

Web-EDIは、JCA手順のデメリットを解消する目的で普及しました。

通信回線にインターネットを利用する事で、確かに通信スピードの向上は実現しましたが、手動によるファイル転送、各社個別画面での運用、といった煩雑な業務がかえって増加してしまいました。

さらに発注のみの、従来型のEOS、従来型の双方向のEDI（発注、受領、出荷案内）、Web-EDIが混在する事になり、運用も非常に煩雑になってしまいました。